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La définition de cytométrie en flux se déduit facilement à partir de l’étymologie de son nom : mesure (-métrie) des propriétés optiques de cellules (cyto-) transportées par un liquide vecteur (flux) jusqu’à une source d’excitation lumineuse.

Ce projet, initié il y a quelques années par Michel Denis, Directeur de Recherche CNRS au sein du Laboratoire de Microbiologie, Géochimie, et Ecologie Marines (LMGEM, CNRS UMR 6117), est né du besoin d’étudier les assemblages microbiens à l’échelle individuelle des cellules pour mieux appréhender leur structure et leur rôle fonctionnel au sein même des écosystèmes. La cytométrie en flux est alors apparue comme une technique de choix en permettant une analyse qualitative et quantitative des cellules individuelles à une fréquence pouvant aller jusqu’à plusieurs dizaines de milliers de cellules par seconde. Les avancées technologiques alliées aux progrès des marqueurs fluorescents et de la biologie moléculaire laissent présager, dans un proche avenir, des possibilités offertes par la cytométrie en flux aux microbiologistes pour accroître leurs connaissances sur les bactéries, tâche difficile voire impossible par d’autres méthodes plus classiques de microbiologie (mises en culture, observations par microscopie)

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