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Références bibliographiques

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Mots-clés

DIVERSITY Agrobacterium tumefaciens Bacterial diversity Evolution Banana B genome Biogeochemistry AcMNPV Apicomplexa DISEASE RESISTANCE DEBARYOMYCES-HANSENII Coevolution Bacterial distribution Confocal microscopy AVIRULENCE GENES Brown Alga Anatomy Gene expression Adaptation APPLICATION Cyanobacteria Coral reef degradation ATLANTIC-OCEAN Biocatalysis Chloridoideae ELEMENT GENETIQUE Metagenomics Aldolases Climate change Insect Arsenic metabolism genes Codon Position Aminotransferase Transaminase Cysteine sulfinic acid High-throughput screening Enzyme library Colorimetric assay Bacterial genomes CHEESE DNA Biofilm Braconidae CDS synonymous codon usage heterogeneity ADAPTATION Cysteine sulfinic acid Botrytis Biochemical-characterization Chitin Dioxygenase CDNA Library Symbiosis Abundance distribution Cytoplasmic Incompatibility Allosomes Bracovirus Biodiversity Additional Data File Autosomes Gene Ontology COMMUNITY STRUCTURE Cascade reactions Aphid Species Amino acids Approximately Unbiased Transcriptome Citrus Cotransferred genes Environmental genomics Bactérie entomopathogène COMPARATIVE GENOMICS BACTERIA Bathymodiolus azoricus Bayesian Inference Analysis MAXIMUM-LIKELIHOOD Copepod Chaînes de Markov Biology marine Genome sequence Correspondence analysis Biological oceanography Analyse factorielle des correspondances Binning Acid mine drainage EHEC BACTERIAL DIVERSITY Adenylation domains Centres mobiles Ancestral genome Virulence factors Assembly Babesia microty Community ecology Analyses multivariées CBONDC coupling COMPLETE GENOME Polydnavirus Diversity Coral Reef Aquatic and Marine Chemistry Genome Next-generation sequencing BEN374 16S metagenomics analysis Amino Acid Sequence

Bienvenue dans la collection des publications du laboratoire Génomique Métabolique

Présentation des activités

L'UMR 8030 « Génomique Métabolique », explore la biodiversité des organismes par l'analyse de leur génome, participant ainsi de façon significative à l'exploration globale de l'arbre du vivant. Récemment l'apparition de nouvelles technologies de séquençage a donné accès à l'exportation globale de la biodiversité de consortia d'organisme partageant un même biotope. Le déluge de données de séquences de novo s'accompagne aussi d'un accroissement du nombre de gènes dont les fonctions restent totalement inconnues. Le Genoscope et l'UMR ont donc décidé d'étendre l'étude de la biodiversité des génomes à celle des réactions chimiques réalisées par le vivant.

Thèmes de recherche

  • Analyse comparative de génomes eucaryotes/procaryotes (plantes, animaux, protozoaires et bactéries) et de très grands jeux de données métagénomiques et métatranscriptomiques en particulier ceux obtenus dans le cadre du projet TARA OCEANS.

  • Annotation et analyse comparative de génomes procaryotes, prédiction et comparaison de réseaux métaboliques.

  • Etude du métabolisme des procaryotes et de leurs acteurs : les enzymes, pour obtenir une vision globale de la chimie d'une cellule et contribuer au développement d'une chimie plus « eco-compatible ».

  • Identification de nouvelles réactions enzymatiques de bioconversion chez les bactéries en s'appuyant sur des analyses génomiques. Introduction d'étapes biocatalysées dans des processus de chimie de synthèse.

  • Développement de bactéries «châssis» pouvant assimiler des C1 réduits (ex : méthanol) obtenus à partir du C02, implémentation dans ces bactéries «hôtes» de voies synthétiques pour la production de molécules d'intérêt pour l'industrie.

  • Recherche de méthodes biologiques pour dégrader des xénobiotiques, un cas d'étude : la choredecone.

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