Palaeogenomic analysis of black rat (Rattus rattus) reveals multiple European introductions associated with human economic history - MNHN - Muséum national d'Histoire naturelle Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Communications Année : 2022

Palaeogenomic analysis of black rat (Rattus rattus) reveals multiple European introductions associated with human economic history

Chris Conroy
Becky Knight
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Camilla Speller
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Hiba Al-Jarah
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Heidi Eager
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Alexandra Trinks
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Gamini Adikari
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Henriette Baron
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Beate Böhlendorf-Arslan
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Wijerathne Bohingamuwa
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Sheila Hamilton-Dyer
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Zsófia Kovács
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Günther Karl Kunst
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René Kyselý
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Arturo Morales-Muñiz
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Mariana Nabais
Terry O’connor
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Kerstin Pasda
Jude Perera
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Nimal Perera
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Silvia Radbauer
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Joan Ramon
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Eve Rannamäe
Joan Sanmartí Grego
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Edward Treasure
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Silvia Valenzuela-Lamas
Inge van der Jagt
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Wim van Neer
Thomas Walker
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Stephanie Wynne-Jones
Jørn Zeiler
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Keith Dobney
Nicole Boivin
Jeremy Searle
Ben Krause-Kyora
Johannes Krause
Greger Larson
David Orton

Résumé

The distribution of the black rat (Rattus rattus) has been heavily influenced by its association with humans. The dispersal history of this non-native commensal rodent across Europe, however, remains poorly understood, and different introductions may have occurred during the Roman and medieval periods. Here, in order to reconstruct the population history of European black rats, we first generate a de novo genome assembly of the black rat. We then sequence 67 ancient and three modern black rat mitogenomes, and 36 ancient and three modern nuclear genomes from archaeological sites spanning the 1st-17th centuries CE in Europe and North Africa. Analyses of our newly reported sequences, together with published mitochondrial DNA sequences, confirm that black rats were introduced into the Mediterranean and Europe from Southwest Asia. Genomic analyses of the ancient rats reveal a population turnover in temperate Europe between the 6th and 10th centuries CE, coincident with an archaeologically attested decline in the black rat population. The near disappearance and re-emergence of black rats in Europe may have been the result of the breakdown of the Roman Empire, the First Plague Pandemic, and/or post-Roman climatic cooling.
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Dates et versions

hal-03659617 , version 1 (24-11-2022)

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Citer

He Yu, Alexandra Jamieson, Ardern Hulme-Beaman, Chris Conroy, Becky Knight, et al.. Palaeogenomic analysis of black rat (Rattus rattus) reveals multiple European introductions associated with human economic history. Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.2399. ⟨10.1038/s41467-022-30009-z⟩. ⟨hal-03659617⟩
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