Evolution & systematics of red algae
Evolution & Systématique des algues rouges
Résumé
This manuscript of “Habilitation à Diriger des Recherches” recapitulates ten years of study centering on the diversity of red algae. My research focuses on many aspects of red algal evolution and relatedness toward the goal of evaluating and characterizing red algal biodiversity with the contribution of many collaborators. I am particularly interested in using an integrative approach towards systematics to assess evolutionary processes at both macroevolutionary and microevolutionary scales.
A critical first step was to develop untested nuclear markers to improve the phylogenetic resolution among lineages of the Florideophyceae which led to considerable revisions of the classification of this subclass. This phylogenetic study served as a cornerstone to further study the evolutionary history of various taxa at the ordinal or generic level. I have supervised three PhD students and have two post-doctoral trainees working on red algal systematics. I supervised studies on the orders Sebdeniales and Halymeniales with post-doctoral trainee Toni Manghisi, on the Laurencia complex with two PhD students Julie Martin Lescanne and María Machín Sánchez and on the Corallinales with PhD student Lucie Bittner and post-doctoral fellow Viviana Peña Freire.
In addition to this phylogenetic approach I contribute to floristic surveys in selected biogeographical regions (Atlantic and Mediterranean European coast, South Pacific, Indian Ocean) with my colleagues of the "phycological group" Florence Rousseau and Bruno de Reviers, as well as within the framework of the program "big expeditions" of the MNHN coordinated by Philippe Bouchet. These floristic studies, coupled with the acquisition and analysis of molecular data (the DNA barcode marker, as well as additional markers where required), allow us to better circumscribe algal species diversity. This approach has proven valuable in detecting cryptic species as well as species complexes and was recently applied to highlight exogenous species. Alexandre Geoffroy, a PhD student that I co-supervise with Christophe Destombe, detected the introduction of Polysiphonia morrowii, a species native to Asia, along the Brittany coasts using a DNA barcoding approach.
As the data analysed becomes more comprehensive in terms of taxonomic, geographical and temporal coverage, I have begun tackling questions relating to the processes influencing speciation rates and distribution of marine algae. With the objective to supply tools for conservation biologists, we assess the congruence among scales (mainly taxonomic and spatial) to evaluate and monitor algal biodiversity of the Atlantic Coasts, within the framework of Marine Robuchon's doctoral thesis that I co-supervise with Myriam Valero.
For the coherence of this document, I chose to discuss my research on phylogenetic relationships and species concepts within the red algae in an order from the root to the terminal leaves of the red algal phylogenetic tree. I present my own works and those of the students that I have I supervised.
Ce manuscrit d’HDR récapitule dix ans d’étude portant principalement sur la diversité des algues rouges. Mes travaux ont principalement porté sur l’évaluation et la caractérisation de la biodiversité des algues rouges par une approche de systématique intégrative pour inférer les processus évolutifs tant à l’échelle macroévolutive que microévolutive.
Une première étape a consisté au développement de marqueurs nucléaires additionnels pour améliorer la résolution phylogénétique au sein des Florideophyceae et a conduit à la révision de la classification de cette sous-classe. Cette étude phylogénétique à l’échelle des Florideophyceae, a servi de pierre angulaire pour étudier l’histoire évolutive de différents taxons à l’échelle ordinale ou du genre. Ces différents travaux ont fait l’objet d’un encadrement de trois doctorants et de deux stagiaires post-doctoraux. J’ai en particulier encadré des travaux sur les Sebdeniales et Halymeniales avec un stagiaire post-doctoral, Toni Manghisi, sur le complexe du genre Laurencia avec deux doctorantes, Julie Martin Lescanne et María Machín Sánchez, sur les Corallinales avec une doctorante, Lucie Bittner, et une stagiaire en post-doctorat, Viviana Peña Freire.
Parallèlement à ces études phylogénétiques, je contribue, avec mes collègues du « groupe phycologique », Florence Rousseau et Bruno de Reviers, ainsi que dans le cadre du programme « grandes expéditions » du MNHN coordonné par Philippe Bouchet, à des études floristiques à des échelles régionales (côtes européennes atlantiques et méditerranéennes, Pacifique sud, océan Indien). Ces études couplées à l’acquisition de données moléculaires (le fragment utilisé comme code à barres-ADN mais aussi d’autres séquences utilisables aux même fins, complémentaires ou de substitution selon les cas) permettent de mieux appréhender la diversité spécifique des algues. Cette approche s’est révélée fructueuse pour détecter des espèces cryptiques et des complexes d’espèces et elle a récemment permis de mettre en évidence des espèces exogènes. Ainsi, Alexandre Geoffroy, doctorant que je co-encadre avec Christophe Destombe a détecté sur les côtes Bretonne l’introduction de Polysiphonia morrowii, une espèce originaire d’Asie.
La densification de l’échantillonnage tant sur le plan taxinomique que géographique et temporel permet, dorénavant, d’aborder les processus qui influencent la spéciation et la distribution des algues. Dans le cadre de la thèse de doctorat de Marine Robuchon que je co-encadre avec Myriam Valero, nous nous interrogeons sur le choix des échelles (principalement taxinomique et spatiales) d’étude de la diversité algale des côtes Atlantiques, avec l’objectif de fournir des outils à des biologistes de la conservation.
Pour la cohérence de ce document, j’ai fait le choix d’exposer mes travaux en commençant par mes recherches sur les relations phylogénétiques des macro-algues rouges puis en suivant un axe allant de la racine vers les rameaux terminaux de l’arbre phylogénétique des algues rouges, je présente mes travaux et ceux des étudiants que j’ai encadrés, sur les corallines, des algues rouges calcifiées.
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Le Gall - 2012 - Etudes biologiques, biochimiques et cellulaires de.pdf (3.81 Mo)
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Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)